Elionor va arribar a Xile dos dies abans de la data programada, una cosa que s'agraeix després de la tempestuosa travessia. La seva embarcació va haver de travessar l'Estret de Magallanes, una de les zones marítimes més desafiadores del món a causa de les condicions climàtiques extremes. En aquesta regió convergeixen dos forts corrents marins, la qual cosa genera un onatge intens i vents molt agressius. És clar que la princesa no podrà oblidar mai aquesta experiència. Ha tingut diversos intents d'abandonament i ha alarmat Zarzuela, que han hagut de comunicar-se amb ella de forma urgent i immediata amb el satèl·lit.
La princesa no tenia més remei que acceptar la travessia, ja que forma part del pla d'estudis de l'Armada. Primer va fer uns mesos a l'Escola Naval de Marín per tenir un cert coneixement i ara ha posat en pràctica tot el que ha après. Necessita les màximes condecoracions de tots els exèrcits per ser la futura reina d'Espanya. Ha d'estar preparada per a tots els desafiaments que li oferirà la vida en els propers anys. El problema en tot moment ha estat que a diferència dels seus companys, ella no ha pogut formar-se prèviament per a aquesta travessia.
Durant les primeres setmanes en alta mar, Elionor va patir intensos marejos i episodis de vòmits a causa del constant moviment de l'embarcació. Aquesta situació li va impedir d'assistir a algunes classes i, en diverses ocasions, va haver d'acudir a l'equip metge del vaixell per rebre tractament amb biodramina, un medicament per combatre el mareig.
Sens dubte, els pitjors moments per a ella van ser els inicis, en els que va estar fins a tres setmanes sense posar un peu a terra ferma, 21 dies d'Espanya al Brasil, i el mar era massa agitat. Es va posar a prova la resistència de tota la tripulació. En una de les seves parades a l'Uruguai, es van poder veure alguns blaus als seus braços, producte de caigudes dins de l'embarcació causades pel violent onatge. En una ocasió, mentre complia el seu torn de guàrdia, una ona la va colpejar fortament. Davant d'aquests incidents, el rei Felip VI i la reina Letícia van sol·licitar que la princesa quedés exempta de futures vigilàncies nocturnes, ja que no podien exposar-la a més riscos innecessaris. Al cap i a la fi, ella és la futura reina d'Espanya i la seva seguretat és una prioritat.
Felip VI va contactar d'urgència amb Elionor per satèl·lit
Els monarques han estat atents en tot moment al trajecte del vaixell escola Juan Sebastián Elcano, especialment en aquests últims dies, ja que havia de travessar una de les rutes més complicades, passant de l'oceà l'Atlàntic al Pacífic. L'última nit abans d'arribar a Xile va ser particularment difícil: el mar estava agitat, l'embarcació es movia de forma violenta i molts dels tripulants van patir marejos, vòmits i fins i tot alguns cops. Com a mesura de seguretat, les classes van ser cancel·lades i tots els alumnes van romandre a la sala comuna amb armilles salvavides.
Elionor va haver de tancar-se a la seva cabina pel fort moviment, estava molt marejada i va tornar a vomitar. Una situació extrema. Felip VI i Letícia van seguir la ruta i no van dubtar a comunicar-se amb la seva filla per satèl·lit per donar-li ànims. Estava disposada a abandonar. No podia més amb la pressió. La guàrdia marina no estava feta per a ella.
