El distanciament de Juan Urdangarin amb la Casa Reial ha estat un dels temes més delicats després de l'impacte del Cas Nóos, l'escàndol de corrupció que va portar al seu pare, Iñaki Urdangarin, a la presó i va sacsejar els fonaments de la família Urdangarin-Borbón. Durant molt de temps, Juan, el fill gran d'Iñaki i la infanta Cristina, ha mantingut una actitud de rebuig cap a la monarquia, exigint en repetides ocasions una compensació econòmica pel silenci del seu pare, qui, malgrat les greus acusacions, mai no va implicar altres membres de la família reial.
La relació entre Juan i la Casa Reial es va anar deteriorant progressivament, sobretot arran de la decisió del rei Felip VI de retirar el títol de duquessa de Palma a la seva mare, la infanta Cristina. Aquest gest, destinat a protegir la imatge pública de la monarquia, va ser percebut pels Urdangarin com una traïció. Per a Juan, que sempre s'ha mostrat molt unit a la seva família, el gest del seu oncle significava apartar definitivament la seva mare de l'entorn real i deixar-los, en certa manera, com els únics responsables de l'escàndol.
Juan Urdangarin va ser el fill d'Iñaki i la infanta Cristina que més va patir per les conseqüències del cas Nóos
El Caso Nóos va ser un veritable terratrèmol per a la família. Encara que Iñaki Urdangarin va assumir tota la culpa en un intent per protegir la seva esposa i altres pròxims, el seu sacrifici no va evitar que la imatge de la seva família quedés profundament feta malbé. Al llarg d'aquest procés, Juan Urdangarin no només va veure com el seu pare era empresonat, sinó que a més va patir en la seva joventut les conseqüències socials del cas: assetjament, burles i la contínua exposició mediàtica que els va afectar tant a ell com els seus germans.
Frustrat pel que considerava una falta de suport de la Casa Reial, Juan Urdangarin hauria mantingut converses privades amb el seu avi, el rei emèrit Joan Carles I, durant anys. En elles, el jove hauria insistit en la necessitat que la seva família rebés algun tipus de compensació econòmica pel silenci mantingut pel seu pare. Per a Juan, el fet que Iñaki no revelés més detalls que poguessin implicar altres membres de la monarquia era prou motiu per exigir un rescabalament.
Juan Urdangarin reclama en reiterades ocasions una compensació al seu pare pel seu silenci
Tanmateix, malgrat les pressions, els seus esforços per obtenir aquest reconeixement econòmic no van arribar a bon port. Joan Carles I no va accedir a les seves demandes, la qual cosa va intensificar encara més el ressentiment de Juan cap a la Casa Reial. Aquesta tensió s'ha mantingut latent durant anys, especialment després del divorci dels seus pares, quan va ser Iñaki qui va haver de recórrer a altres vies legals per garantir el seu futur econòmic.
Per a Juan Urdangarin, el silenci del seu pare, que va evitar un escàndol major dins de la família reial, mereixia ser recompensat. En aquest context, s'explica que Juan, com a germà més gran de la família, va pressionar el seu avi, el rei Joan Carles I, que el seu pare fos compensat per haver callat tot el que sabia i haver acceptat entrar a la presó sense arrossegar la infanta Cristina ni implicar ningú més de la família reial, malgrat que molts sabien per endavant tot el que estava passant. Cinc anys després de l'ingrés d'Iñaki a la presó va estar reclamant aquesta compensació al seu pare per no tirar de la manta, encara que sense èxit. Al final va ser Iñaki el que va haver de reclamar el seu en el divorci de la infanta Cristina.