Juan Urdangarin és molt familiar i discret, sempre allunyat del focus mediàtic, evitant qualsevol mena de protagonisme i sense aparèixer en portades de revistes o diaris. A diferència dels seus germans, la vida sentimental dels quals ha estat objecte d'especulació i notícies, no se li ha conegut cap parella, encara que se li atribueix en els últims mesos un jove economista i anglès. Miguel, per exemple, ha iniciat una relació amb Olympia, una jove estudiant veneçolana. Irene, per la seva part, amb Juan Urquijo, algú proper a la família. Mentre que Pablo manté des de fa dos anys un festeig amb Johanna Zott, una companya del Liceu Francès, on va estudiar de petit. En contrast amb ells, el fill gran de la infanta Cristina es manté cautelós a l'hora de mostrar-se en companyia d'algú especial.
Es diu que Juan Urdangarin comparteix amb la reina Sofia una forta fe religiosa i un marcatge sentit de la família. No obstant això, molts l'anomenen "llop solitari", ja que rares vegades se li ha vist en esdeveniments públics o en reunions familiars. En les poques ocasions en què ha aparegut en públic, ha estat acompanyant la seva mare a alguns actes privats.
Juan Urdangarin va ajudar el seu pare a viure com un ric després de sortir de la presó, ell també estava disposat a parlar
Des de molt jove, Juan va ser qui més va patir les conseqüències de l'escàndol del cas Nóos. Mentre que els seus germans eren massa petits per comprendre la magnitud del que passava, ell va haver d'assumir el paper de protector, protegint-los de l'atenció mediàtica. Els periodistes i fotògrafs els perseguien constantment, i fins i tot acampaven a les portes de casa seva a la recerca d'imatges o declaracions. Davant d'aquesta pressió, la família es va veure obligada a abandonar Barcelona, deixant enrere amics i un estil de vida estable. Primer es van traslladar a Washington i, posteriorment, a Ginebra. Tanmateix, Juan, cansat de tants canvis i de la inestabilitat que aquests provocaven, va decidir prendre el seu propi camí. Va optar per estudiar al Regne Unit, lluny de la seva família, on finalment va trobar la serenitat que tant anhelava.
Durant la seva etapa escolar, Juan també va haver d'enfrontar-se a l'assetjament per part dels seus companys. Va escoltar insults dirigits als seus pares i va presenciar com el seu pare, Iñaki Urdangarin, passava de ser un membre respectat de la família reial al ingressar a la presó, en la qual cosa va ser considerat l'escàndol més gran de la monarquia espanyola. Davant de l'absència del seu pare, Juan va assumir la responsabilitat de cuidar i guiar els seus germans petits, omplint el buit deixat per Iñaki.
Amb el temps, va desenvolupar un fort ressentiment cap a Joan Carles I i Felip VI, a qui responsabilitza de l'empresonament del seu pare. Segons ell, van ser ells que van destruir la seva família, i per això ha decidit mantenir-se al marge i evitar qualsevol contacte amb ells. En múltiples ocasions ha sentit el seu pare afirmar que va ser utilitzat com a boc expiatori per demostrar que la justícia era igual per a tothom i així salvar la imatge de la monarquia.
Es diu, a més, que Juan Urdangarin va ser peça clau en la pressió que es va exercir sobre Joan Carles I perquè el seu pare rebés una compensació econòmica en sortir de la presó pel seu silenci. Segons el periodista Juan Luis Galiacho, l'acord hauria consistit en un pagament de 25.000 euros mensuals per tota la vida, a més d'una indemnització de dos milions d'euros. Aquestes transaccions, suposadament, es van dur a terme a Ginebra, lluny del control de la Hisenda Pública.