Shakira és filla única, almenys del matrimoni format per William Mebarak i Nidia Ripoll. Tanmateix, encara que porten casats més de quaranta anys, el pare de la cantant va mantenir una relació anterior, amb la que va tenir altres vuit fills. L'altra dona es diu Lucila Otero. La primera filla del matrimoni va ser Lucía, una de les millors amigues de l'artista. Va viure durant un temps a Espanya, però ara resideix a Colòmbia, on treballa com a neurocirurgiana.
Un dels seus pilars més importants és Tonino, que s'ha convertit des de 2018 en el seu road mànager. Des que Shakira es va separar de Piqué no s'ha separat d'ella. Viu de forma temporal a Barcelona, el seu lloc és a Miami, on aviat s'instal·larà Shakira amb Milan i Sasha.
Amb els germans que menys relació manté és amb Robin i Moisès. No hi ha cap fotografia d'ells amb la cantant. D'altra banda, encara que ara mateix estan a milers de quilòmetres, el seu germà Alberto sí que manté relació amb ella. Se'ls pot veure junts en dates assenyalades com a aniversari o Nadal, aquest treballa com a advocat. José Antonio, viu a Miami i, des de fa anys, és un reconegut empresari que té amistats amb diversos polítics, presidents i alts executius. A més, treballa a Amèrica Llatina i a Europa.
Qui resideix més a prop en l'actualitat és Patricia Mebarak, que es va instal·lar a València. La dona és professora en un centre de necessitats especials. D'Ana i Edward, els seus altres dos germans, hi ha poques dades. Sempre s'han mantingut en un discret segon pla.
La dedicatòria de Shakira al seu germà mort en un accident de moto
Encara que tan sols tenia dos anys quan a la família li va esquitxar un tràgic episodi, Shakira recorda amb molt d'afecte a un dels seus germans, que va morir en un accident de moto. Va morir amb tan sols 18 anys. Va ser una de les èpoques més dures i fosques de William Mebarak, tal com ell va relatar en un documental l'any 2006, mai no es va atrevir a parlar d'aquest tema.
Shakira va dedicar una cançó en honor al seu germà, i ja que ella no havia tingut la sort de conèixer-lo tant com li hagués agradat, el va descriure a través de William. La cançó portava per títol 'Les meves lents fosques' i en ella parlava de com el seu pare es va camuflar en elles després de la mort del seu fill gran, d'aquesta forma ocultava la mirada.