Juan Urdangarin es muy familiar y discreto, siempre alejado del foco mediático, evitando cualquier tipo de protagonismo y sin aparecer en portadas de revistas o periódicos. A diferencia de sus hermanos, cuya vida sentimental ha sido objeto de especulación y noticias, no se le ha conocido pareja alguna, aunque se le atribuye en los últimos meses un joven economista e inglés. Miguel, por ejemplo, ha iniciado una relación con Olympia, una joven estudiante venezolana. Irene, por su parte, con Juan Urquijo, alguien cercano a la familia. Mientras que Pablo mantiene desde hace dos años un noviazgo con Johanna Zott, una compañera del Liceo Francés, donde estudió de pequeño. En contraste con ellos, el hijo mayor de la infanta Cristina se mantiene cauteloso a la hora de mostrarse en compañía de alguien especial.
Se dice que Juan Urdangarin comparte con la reina Sofía una fuerte fe religiosa y un marcado sentido de la familia. No obstante, muchos le llaman “lobo solitario”, ya que rara vez se le ha visto en eventos públicos o en reuniones familiares. En las pocas ocasiones en que ha aparecido en público, ha sido acompañando a su madre a algunos actos privados.
Juan Urdangarin ayudó a su padre a vivir como un rico tras salir de prisión, él también estaba dispuesto a hablar
Desde muy joven, Juan fue quien más sufrió las consecuencias del escándalo del caso Nóos. Mientras que sus hermanos eran demasiado pequeños para comprender la magnitud de lo que ocurría, él tuvo que asumir el papel de protector, resguardándolos de la atención mediática. Los periodistas y fotógrafos los perseguían constantemente, e incluso acampaban a las puertas de su casa en busca de imágenes o declaraciones. Ante esta presión, la familia se vio obligada a abandonar Barcelona, dejando atrás amigos y un estilo de vida estable. Primero se trasladaron a Washington y, posteriormente, a Ginebra. Sin embargo, Juan, cansado de tantos cambios y de la inestabilidad que estos provocaban, decidió tomar su propio camino. Optó por estudiar en el Reino Unido, lejos de su familia, donde finalmente encontró la serenidad que tanto anhelaba.
Durante su etapa escolar, Juan también tuvo que enfrentarse al acoso por parte de sus compañeros. Escuchó insultos dirigidos a sus padres y presenció cómo su padre, Iñaki Urdangarin, pasaba de ser un miembro respetado de la familia real a ingresar en prisión, en lo que fue considerado el mayor escándalo de la monarquía española. Ante la ausencia de su padre, Juan asumió la responsabilidad de cuidar y guiar a sus hermanos menores, llenando el vacío dejado por Iñaki.
Con el tiempo, desarrolló un fuerte resentimiento hacia Juan Carlos I y Felipe VI, a quienes responsabiliza del encarcelamiento de su padre. Según él, fueron ellos quienes destruyeron su familia, y por ello ha decidido mantenerse al margen y evitar cualquier contacto con ellos. En múltiples ocasiones ha oído a su padre afirmar que fue utilizado como chivo expiatorio para demostrar que la justicia era igual para todos y así salvar la imagen de la monarquía.
Se dice, además, que Juan Urdangarin fue pieza clave en la presión que se ejerció sobre Juan Carlos I para que su padre recibiera una compensación económica al salir de prisión por su silencio. Según el periodista Juan Luis Galiacho, el acuerdo habría consistido en un pago de 25.000 euros mensuales de por vida, además de una indemnización de dos millones de euros. Estas transacciones, supuestamente, se llevaron a cabo en Ginebra, lejos del control de la Hacienda Pública.