Tal dia com avui de l’any 1393, fa 630 anys, a Avinyó (Estats Pontificis), el pontífex Climent VII, conegut també amb el sobrenom de Papa Mèdici, signava —a petició dels reis Joan I i Violant de Bar— l’autorització per a la fundació d’un monestir a la falda de la muntanya de Collserola, en un paratge de la parròquia de Sant Genís dels Agudells, al municipi de Barcelona. Aquell monestir seria dedicat a Sant Jeroni, i els primers ocupants serien un grup de vuit monjos procedents del monestir de Sant Jeroni de Cotalba (prop de Gandia, País Valencià). El monjo Jaume-Joan Ibáñez seria el director de les obres de construcció del monestir, i seria també el primer prior d’aquella comunitat monàstica.

A principis del segle XV, aquell paratge boscós i costerut estava presidit pel monestir i diverses ermites escampades al seu voltant, que dataven de l’època carolíngia (segles IX i X). Alguns armadors del barri de la Ribera de Barcelona, que viatjaven sovint a les costes orientals de la Mediterrània, afirmarien que aquell paisatge tenia moltes similituds amb el de la Vall d’Hebron, que havia format part del Regne de Jerusalem, de les croades (1099-1291), i en aquell moment era una possessió dels estats musulmans de la regió. Aquest canvi de domini no havia afectat les relacions comercials (els comerciants catalans tenien una vinculació molt estreta amb Alexandria), i això explica per què aquell paratge es va passar a anomenar d’aquesta manera.

El monestir de Sant Jeroni de la Vall d’Hebron va viure la seva etapa més esplendorosa durant el regnat d’Alfons el Magnànim (segon quart del segle XV). La reina Maria de Castella, esposa d’Alfons, va ser una destacadíssima mecenes del monestir que en va impulsar obres de millora i ampliació, i que el va dotar d’una extraordinària biblioteca. La decadència es va iniciar a partir del segle XVII. La seva posició estratègica el va convertir en el quarter dels comandaments dels exèrcits que posaven setge a Barcelona. Va ser militaritzat durant la Guerra de Separació de Catalunya (1640-1652/59), durant la Guerra dels Nou Anys (1688-1697), durant la Guerra de Successió (1705-1714/15) i durant les Guerres Napoleòniques (1808-1812).

El 1835, amb la llei de desamortització de Mendizábal, es va produir un abandonament total que en va precipitar la ruïna. A finals del segle XIX, havia estat objecte de diversos saquejos i només restaven dempeus algunes parets. En aquella mateixa època, es va traçar la carretera de Gràcia a Manresa (actualment anomenada carretera de l’Arrabassada) que passaria pel mig de la finca i que culminaria la destrucció dels edificis monàstics.