Més de quatre mesos després d'anunciar que deixava la primera línia política, Pere Aragonès ha trencat el seu silenci. Ho fa enmig de la guerra interna a ERC, el partit del qual continua sent coordinador nacional fins al congrés del novembre. Després que Oriol Junqueras denunciés que mentre ell era a la presó s'havia creat una estructura paral·lela per prendre decisions, en una entrevista a RAC1, Aragonès ho ha negat en rodó: "No hi havia òrgans paral·lels per prendre decisions fora de la direcció", ha manifestat. Anant més enllà, ha apuntat que durant els anys que Junqueras va estar tancat a la presó abans de l'indult, ell va anar "desenes de vegades" a veure'l i que les decisions que es prenien eren sempre compartides.
"L'orientació dels acords es parlava i es va fer una estructura ad hoc per donar suport als represaliats", ha afegit, i ha assegurat que durant el temps que ell ha estat president de la Generalitat i Junqueras del partit, les decisions més importants (ha posat l'exemple de les negociacions dels pressupostos o de les principals lleis) s'han anat acordant, i que Junqueras (i Rovira) tenien l'última paraula a l'hora de, per exemple, elaborar les llistes per a les eleccions municipals.
Alineat amb les tesis de Rovira
Al juny, Aragonès va signar el polèmic manifest en què es demanava la renovació del partit, que es va entendre com un missatge a Junqueras. Abans, just la nit del 12-M en què ERC va perdre 13 diputats al Parlament, l'expresident de la Generalitat va demanar assumir responsabilitats, tant individuals com col·lectives. Aquest dilluns ha assegurat que ell no dirà a "un company que és el que ha de fer", en referència a Junqueras, que es presentarà al congrés per recuperar la presidència, però ha defensat que "en un cicle nou", com el que s'ha obert ara, "si hi ha cares noves al capdavant tot és més fàcil", ha insistit, en línia amb les tesis de la secretaria general: "Els equips s’han de renovar, tots parlen de renovació. Aquesta idea és assumida per tothom i jo l'he posada en pràctica".
El cas dels cartells i el ninot de Junqueras
Mentre Junqueras defensa que ell es va assabentar que els cartells contra els germans Margall sortien d'ERC quan li ho va explicar el mateix Ernest, Aragonès ha assegurat que no té constància que el ninot que va aparèixer a Sant Vicenç dels Horts durant la campanya de les europees surti de dins del mateix partit: "Sé que alguns mitjans ho han explicat, però jo no en tinc constància. Qui en tingui que s'adreci als òrgans del partit. Estaria bé saber qui va fer aquesta actuació tan repugnant".
El paper dels Mossos el 8 d'agost
Preguntat pel retorn de Carles Puigdemont el 8 d'agost, Aragonès ha lamentat no entendre quina era la intenció política de venir per participar en un acte i després marxar a l'exili, tot defensant l'actuació dels Mossos en aquella jornada, que continua en dubte: "L'havien de detenir per un mandat judicial que havien de complir. Els tocava fer-ho i van voler preservar la institucionalitat. No tenien marge i això els va jugar a la contra". Tot plegat, recordant que el president Puigdemont (amb qui va parlar per últim cop al juny) hauria de poder tornar amb llibertat per l'amnistia, que no se li ha aplicat encara.