El Tribunal de Comptes ha presentat un informe de la fiscalització dels partits polítics dels exercicis dels anys 2014 i 2015, i Ciutadans mostra moltes irregularitats. El partit presidit per Albert Rivera va registrar, l'any 2015, factures electorals a nom del seu partit per 14.371 euros, un fet que podria vulnerar l'article 4.3 de la Llei de Finançament de Partits (LOFPP), que prohibeix als partits acceptar que tercers assumeixin costos de la seva activitat. Referent a la quantitat esmentada, no s'identifiquen els donants de 2.037 euros.
En aquests comptes anuals que presenta Cs referents a l'any 2015 no es computen 678.023 cobrats del Parlament de Catalunya, 220.997 del Ministeri de l'Interior, 145.272 euros de la Generalitat Valenciana, 42.169 euros del Parlament Europeu ni 91.377 de diferents capitals de província.
També hi ha errors en els seguiments de saldos i pagaments a creditors, i s'observen algunes omissions de moviments de tresoreria i duplicitats en la comptabilització de despeses. D'altra banda, i en el context electoral dels comicis del 21-D, Ciutadans no va declarar com a despeses un import acumulat de 166.281 euros per unes partides que per llei haurien de constar-hi.
El salari del personal del partit és un altre punt de l'informe presentat pel Tribunal de Comptes. Grups de Cs d'ajuntaments i diputacions haurien gastat uns 166.393 euros per pagar remuneracions de personal del partit, cosa que podria vulnerar la llei de bases del règim local. Nòmines per duplicat, empleats contractats per a diverses campanyes sense que es declarin els sous com a despesa electoral o no pagar IRPF ni cotitzacions socials a dos becaris que van cobrar 4.000 euros, entre d'altres anomalies.
Entre els aspectes que es poden consultar a l'informe hi ha una desviació entre els comptes registrats pels taronges i la comptabilitat correcta de fins a 9,6 milions d'euros.