El CatalanGate no només està passant factura a les relacions entre la Generalitat i el govern espanyol, sinó també entre l'Executiu de Pedro Sánchez i el Centre Nacional d'Intel·ligència (CNI). Les respostes que han donat diversos ministres del govern han estat insuficients per l'independentisme, però un cop dur per als serveis d'Intel·ligència espanyols. Segons publica El Mundo, dins del CNI hi ha malestar amb el govern de Sánchez, ja que diverses fonts consideren que se'ls ha deixat "exposats" davant del moviment independentista i que les promeses de l'Executiu espanyol de més control intern sobre el CNI "dinamita el seu prestigi internacional".
Les fonts del CNI consultades per El Mundo han assenyalat especialment la reunió entre el ministre Félix Bolaños i la consellera Laura Vilagrà. Després de la reunió, Bolaños va anunciar l'"obertura d'un control intern en el CNI" per analitzar el cas CatalanGate. Aquesta promesa genera un gran malestar dins dels serveis d'Intel·ligència, els quals consideren que ja tenen prou controls interns. "A cas el CNI no té controls?", han qüestionat fonts internes. Es tracta de les mateixes fonts que consideren que la reacció del govern espanyol davant d'aquest cas d'espionatge massiu els posa "en evidència", ja que s'insinua la seva responsabilitat en el cas.
"Investigar-nos a nosaltres és com si el Govern s'investigués a ell mateix", lamenten alguns membres del cos. Entre els aspectes que més incomoden als membres del CNI és una altra de les promeses de Bolaños: "La constitució de manera immediata de la Comissió de Secrets Oficials" del Congrés, en la que compareixeria la directora del CNI davant dels membres de la comissió, que inclourien diversos partits, incloent-hi els independentistes. Ser qüestionats pels partits independentistes és un dels aspectes de la resposta del govern espanyol que més nervis genera dins el CNI.
L'ús de Pegasus
El CNI ha admès que va utilitzar el programa Pegasus per espair a persones de l'entorn independentista, tot i que remarca que no ho va fer amb autorització judicial i de forma individualitzada, no massiva, com apunta la investigació de Citizen Lab, segons publica El País. El Tribunal Suprem, però, no dona suport a la versió del servei d'Intel·ligència espanyol i subratllen que mai han autoritzat al CNI per fer aquesta mena d'accions, segons El Español. Mentrestant, el CNI retreu que la investigació de Citizen Lab no és fiable, ja que ells només reconeixen espionatges puntuals i no pas massiu, com apunta l'organització.