El desplegament institucional és una de les prioritats ara del Consell per la República, i per això ja s'han posat mans a l'obra per construir el seu propi Parlament. Tal i com ha aprovat el consell de govern en una reunió del 8 de setembre, una denominada Assemblea de Representants fundacional se celebrarà de manera immediata, abans de les noves eleccions al Parlament de Catalunya, per tirar endavant l'òrgan parlamentari.
En aquesta primera Assemblea hi participaran diputats i diputades del Parlament de les diferents forces polítiques independentistes amb l'objectiu d'aprovar el reglament electoral que s'usarà per a la tria de la nova cambra, i elegir-ne el president. En aquest cas, s'ha establert el president de l’Assemblea no podrà pertànyer a Junts perquè haurà de ser d'un grup polític diferent al de l’actual president del consell de govern, Carles Puigdemont.
Les futures eleccions a l'Assemblea del Consell per la República
Segons el règim electoral general del Consell per la República, en les eleccions a l'Assemblea de Representants definitiva, que no coincidirà amb les eleccions al Parlament de Catalunya, hi podran participar les 91.325 persones que actualment formen part del Consell per la República.
En els comicis s'hi podrà presentar qualsevol persona amb la intenció que quedi representada tota la pluralitat de l’independentisme, amb tota la seva transversalitat, segons defensen en un comunicat
El Consell de Govern
El president del consell de govern, Carles Puigdemont, serà l'encarregat de convocar l'Assemblea de Representants fundacional, que al seu temps haurà de ratificar-lo com a president del Consell Fundacional de Govern. Puigdemont ja ha participat en diferents actes com a president del Consell, com l'última reunió a Perpinyà amb més de 100 consells locals del Consell per la República per acordar com desplegar la xarxa de consells a l'interior i seguir amb les mobilitzacions.
A part de l'objectiu de desplegar-se institucionalement, el Consell per la República també vol garantir que no se'n fa una instrumentalització partidista. Per això, en l’actual Consell de Govern hi formen part persones que representen fins a 6 formacions polítiques diferents -Junts per Catalunya, ERC, Poble Lliure, Demòcrates, Acció per la República, Som Alternativa-, i les dues principals entitats civils del moviment independentista –ANC i Òmnium Cultural- així com persones a títol independent.