La Fiscalia Superior de Catalunya ha presentat davant el Tribunal Superior de Justícia de Catalunya (TSJC) la querella contra el president de la Generalitat, Carles Puigdemont, Oriol Junqueras i els altres 12 membres del Govern per prevaricació, desobediència i malversació de cabals públics -delicte que s'introdueix per primera vegada en causes relacionades amb el procés i que comporta penes de presó- pel decret de convocatòria del referèndum de l'1 d'octubre i el de normes complementàries per dur a terme el referèndum. El primer el van firmar solidàriament tots els membres del Govern en ple, mentre que el segon només Puigdemont i Junqueras. 

Igualment s'ha querellat contra la presidenta del Parlament, Carme Forcadell i els membrees de la Mesa Lluñis Guinó, Anna Simó i Ramona Barrufet (JxSí) i Joan Josep Nuet (CSQP) per admetre a tràmit la votació de la llei del Referèndum al Parlament tot i la prohibició del Tribunal Constitucional. Les dues querelles criminals les va anunciar aquest dijous el fiscal general de l'Estat, José Manuel Maza

La Fiscalia ha demanat en l'escrit diverses mesures cautelars contra Puigdemont i la resta de membres del Govern. En primer lloc, la interrupció o el bloequig (cas que el servidor estigui radicat a l'estranger) del web Garanties.cat de la Generalitat i l'adreça electrònica https://connectat.voluntariat.gencat.cat/referendum2017, per considerar que donen "cobertura legal i de normalitat a la celebració d'un referèndum secessionista".

Campanyes institucionals

També es demana que s'avisi tots els directors de mitjans de comunicació escrits o audiovisulas públics o pirvats amb seu a Catalunya perquè impedeixin inserir "qualsevol mena de publicitat institucional o propaganda sobre el referèndum". A més, reclama que s'acordin les mesures pertinents per assegurar les responsabiliats pecuniàries, inclosa l'exigència de finaça i, en el seu cas, d'embargament de béns. 

Confiscació d'urnes

De la mateixa manera, la fiscalia reclama que s'oficiï a les forces i cossos de seguretat de l'Estat amb competències en matèria de policia judicial, és a dir, la Guàrdia Civil, Policia Nacional i Mossos d'Esquadra, perquè impedeixin "la promoció, organització i celebració del referèndum il·legal". En aquest sentit, s'assenyala que "deuran intervenir els efectes o instruments destinats a tal finalitat, requisant -a títol d'exemple- urnes, sobres electorals, manuals d'instruccions per als membres de les meses electorals, impresos electoals, elements informàtics i anàlegs".