El Ministeri d'Hisenda, capitanejat pel ministre Cristóbal Montoro, s'ha reiterat en la seva negativa a què s'hagin destinat diners públics al referèndum de l'1-O. Tot malgrat les contradiccions amb els indicis de l'últim informe de la Guàrdia Civil, enviat al jutge del Tribunal Suprem Pablo Llarena i que afirma que es van malversar dos milions d'euros. No obstant això, Hisenda no sempre ha mantingut aquesta versió dels fets, que ha canviat substancialment.

En les setmanes prèvies al referèndum català, Montoro va intervenir els comptes de la Generalitat i les va sotmetre a un exhaustiu control amb l'objectiu que no es dediquessin partides a una votació que el govern espanyol considerava il·legal. L'executiu de Rajoy es va comprometre després amb aquesta idea, que avui Hisenda continua mantenint i amb la qual Montoro s'ha expressat en diverses ocasions, l'última en una entrevista a El Mundo.

No obstant això, el cert és que Hisenda va assenyalar a l'independentisme en diverses ocasions sota l'ombra d'una presumpta malversació de fons públics. Sense anar més lluny, Montoro va denunciar el Govern de Carles Puigdemont —una vegada apartat pel 155—, l'ANC i Òmnium Cultural per haver dedicat diners públics per al referèndum de l'1-O. Va traslladar aquesta denúncia dues setmanes després del referèndum, el 20 d'octubre, sobre la votació al Tribunal de Comptes.

La petició d'investigar aquesta presumpta malversació va venir de la mà del secretari d'Estat d'Hisenda, José Enrique Fernández Moya, que en nom del Ministeri va voler identificar si es van causar danys a l'erari públic.

Després d'això, els de Montoro van tornar a assenyalar a l'independentisme, en aquest cas al món local. Va ser una setmana després que sortís a la llum la primera denúncia al Tribunal de Comptes. Llavors, Hisenda va demanar al Tribunal de Comptes que investigués el viatge de 200 alcaldes a Brussel·les amb la idea que també poguessin haver-se pagat amb diners públics. Aquestes denúncies, que apuntaven clarament a una malversació de fons, van ser impulsades pel mateix ministre que des de fa temps nega qualsevol despesa pública per a l'1-O i que es manté assetjat per Ciutadans, que sembla haver vist una oportunitat en aquesta nova crisi en el govern del PP.