El titular del jutjat d'instrucció 1 de Barcelona, Joaquín Aguirre, ha imputat l'excomissari José Manuel Villarejo arran de la denúncia presentada pel detectiu privat Francisco Marco, que vol demostrar que la seva detenció i l'escorcoll de la seva agència, Método 3, l'any 2013, va ser un objectiu de l'operació Catalunya. Aguirre havia rebutjat investigar aquesta presumpta detenció il·legal, però Marco va presentar un recurs que l'Audiència de Barcelona va acceptar, i finalment el jutge ho investigarà, tot i que se centrarà només en l'escorcoll de Método 3, i no en la possible vinculació amb l'operació Catalunya, ja que l'Audiència Nacional va arxivar el cas que estudiava aquesta vinculació. Així, segons ha avançat La Vanguardia i ha confirmat El Nacional, Aguirre cita a declarar l'excomissari de la Policia Nacional, l'exinspector en cap Antonio Giménez Ras i el detectiu que va treballar per a tots dos Julián Peribáñez el pròxim mes de setembre.
Els fets denunciats van ocórrer fa més d'una dècada, quan, en el marc de la investigació per l'enregistrament d'una trobada de l'exlíder del PP a Catalunya Alicia Sánchez Camacho i Victoria Álvarez, exparella de Jordi Pujol Ferrusola, al restaurant La Camarga, un jutge va ordenar l'escorcoll de l'agència Método 3. El director de l'empresa, que va ser detingut durant unes hores el dia de l'escorcoll, acusa Villarejo d'estar darrere d'aquest moviment i d'haver-se endut més documentació en aquest escorcoll. El magistrat de l'Audiència Nacional Manuel García Castellón va arxivar el juliol del 2022 la denúncia de Marco contra Villarejo argumentant que aquests fets ja s'havien investigat en una altra de les peces del cas Villarejo.
L'operació Catalunya fa referència a l'existència des de l'any 2012 d'una organització integrada per membres de la Policia, del govern de Mariano Rajoy i del PP que, amb ajuda de periodistes i mitjans de comunicació, va ordir un pla contra l'independentisme català. Als jutjats centrals de Madrid hi ha diverses peces que afecten l'operació Catalunya, però algunes denúncies o querelles han estat sobresegudes, com la de l'expresident del FC Barcelona Sandro Rosell.
El febrer de l'any passat, Francisco Marco va rellançar l'agència de detectius Método 3 com una consultora d'intel·ligència empresarial i judicial per actuar davant acusacions il·legals. L'empresa es va integrar en el grup Marco & Co, com Marco va denominar la seva nova agència de detectius una vegada se'l va exonerar del suposat cas d'espionatge polític pel qual va arribar a ser detingut fa una dècada.