El jutge de l’Audiència Nacional José Luis Calama es nega a investigar la querella presentada pel president de la Generalitat, Pere Aragonès, contra l’exdirectora del Centre Nacional d’Intel·ligència (CNI), Paz Esteban, per l'escàndol de Pegasus i rebutja posar-la al mateix nivell que la investigació que manté activa per l’espionatge dels mòbils del president del govern espanyol, Pedro Sánchez, i tres ministres. En la resposta, el titular del Jutjat Central d’Instrucció número 4 argumenta que no es pot establir cap connexió entre elles, que el seu tribunal no és competent, envia la querella a repartiment i ara ha quedat en mans del seu col·lega Ismael Moreno, d’Instrucció número 2, que està esperant la traducció de la documentació abans de decidir si l’admet a tràmit, tal com han informat fonts jurídiques a ElNacional.
El president Aragonès va registrar la querella per descobriment i revelació de secrets al Jutjat d’Instrucció número 29 de Barcelona, que va descartar posar-hi la banya al·legant que el tribunal competent era l’Audiència Nacional tenint en compte que el president català —vicepresident del govern en el moment que el van espiar— era una alta institució de l’Estat. La inhibició va ser a proposta del fiscal, que va argumentar que “atesa la naturalesa dels delictes denunciats”, la competència per indagar era de l’Audiència Nacional perquè Aragonès era “part de la configuració del govern”. La defensa d’Aragonès, en canvi, va lluitar, sense èxit, perquè la causa s’intruïs en un jutjat ordinari de la capital catalana.
El jutge Calama és el que està investigant qui hi ha al darrere de l’atac amb aquesta eina spyware que van patir els mòbils de Pedro Sánchez, dels ministres de l’Interior i Defensa, Fernando Grande-Marlaska i Margarita Robles, i l’intent de fer el mateix amb el titular d’Agricultura, Luis Planas. Les intromissions es van registrar entre maig i juny del 2021. Ara el magistrat considera que no és el mateix en comparació amb la querella d’Aragonès. En el cas del president català, els fets es remunten al gener de 2020 quan l’ara president ostentava la vicepresidència de la Generalitat i la cartera d’Hisenda. El seu dispositiu mòbil va patir infeccions de Pegasus segons va destapar un informe tècnic del grup d’experts en ciberseguretat Citizen Lab, de la Universitat de Toronto. Entre els espiats també hi havia els expresidents Quim Torra i Artur Mas així com altres destacats líders independentistes. Arran de la trama d’espionatge, el govern de Sánchez va cessar la llavors directora dels servei espanyol d’intel·ligència, Paz Esteban, després que confirmés a la comissió de Secrets Oficials del Congrés dels Diputats que havia comprat aquest programa per espiar polítics i persones vinculats a l’independentisme català. Aquell capítol va tensar les relacions entre els governs català i espanyol i va fer tremolar el suport d’Esquerra als partits del govern.