El 4 de maig, el Parlament Europeu va acollir un debat sobre l'ús de programaris espies com Pegasus, trobats a les víctimes del CatalanGate on les formacions polítiques espanyoles es van trobar contra les cordes. Tot i això, algunes han insistit a qüestionar l'espionatge a independentistes i la veracitat de la recerca de Ctizen Lab. És el cas dels representants de Ciutadans al Parlament Europeu. Amb Jordi Cañas al capdavant, els eurodiputats van enviar una sèrie de preguntes al grup d'investigadors de la Universitat de Toronto posant en dubte la fiabilitat de la seva feina. Citizen Lab no només ha respost les preguntes de Ciutadans desmuntant els seus qüestionaments, sinó que el seu director, Ronald Deibert, ha compartit les respostes a través de les xarxes socials. És per això que l'advocat Gonzalo Boye ha assegurat amb sarcasme que Jordi Cañas "no perd l'oportunitat per fer el ridícul".
Deibert ha compartit la resposta de l'equip de recerca que lidera a través d'un tuit en què exposa: "El nostre informe del CatalanGate ha provocat una gran controvèrsia a Espanya". Per aquest motiu, el director afegeix que comparteix les respostes que han elaborat per tal d'"ajudar a aclarir la nostra missió". En el mateix tuit, Deibert comparteix el document de gairebé 20 pàgines en què es poden consultar totes les preguntes i respostes que l'entitat ha respost meticulosament a Ciutadans.
Les preguntes formulades a Citizen Lab qüestionen des dels mètodes d'investigació fins al seguiment del codi ètic de la Universitat de Toronto. Per exemple, Ciutadans pregunta al grup d'investigació si ha "rebut diners durant la seva investigació". Citzen Lab ho nega categòricament, de la mateixa manera que ho fa amb la pregunta: "Hi va haver algun partit polític català (com ara Junts per Catalunya, ERC o CUP) o organitzacions secessionistes? com, Assemblea Nacional Catalana (ANC), Òmnium, involucrats en el procés de mostreig o la redacció de l'informe?".
Un dels aspectes que més es qüestionen al llarg del document, és el paper d'Elies Campo en la investigació. Campo ha participat en la investigació del de Citizen Lab, però també és una de les víctimes d'espionatge amb Pegasus. D'ençà que es va destapar l'escàndol, la figura i la feina de Campo s'ha posat en qüestió i les preguntes de Ciutadans no han estat una excepció. Ronald Deibert ha defensat anteriorment la tasca de Campo i en la resposta a Cs, Citzen Lab defensa la seva feina.