El president, Carles Puigdemont; el vicepresident, Oriol Junquers; els consellers Carles Mundó, Toni Comín i Jordi Turull, i la portaveu de Junts pel Sí, Marta Rovira, apareixen al sumari del jutge d'instrucció número 13 de Barcelona que, en principi, investigava les declaracions de Santi Vidal sobre la Hisenda catalana. Tots ells són aforats i ja tenen un cas obert —menys Rovira— al TSJC, que és qui té les competències per jutjar-los. Però el jutge del 13 ni es va inhibir ni va comunicar la seva intervenció en els preparatius del referèndum, envaint així les competències de la magistrada Mercedes Armas que investiga el Govern a partir de la querella de la Fiscalia.
Tot i els indicis contra els membres del Govern ni la Guàrdia Civil ni el jutge diuen res perquè són aforats. El jutge no és competent per investigar-los i reconèixer la seva intervenció representaria inhibir-se a favor del TSJC i quedar-se sense cas.
Els advocats de la defensa ja van posar en qüestió, només rebre els primers volums del sumari, tota la investigació, qualificant-la de "causa general" i no dirigida a aclarir les causes per les quals s'havia obert, sinó desplegant una gran teranyina d'espionatge per trobar proves que permetessin aturar el referèndum.
La línia vermella
El sumari conté tota la informació del cas que s'obre a partir de dues denúncies contra Santi Vidal. Miguel Duran i VOX presenten la fitxa judicial després que l'exjutge i exsenador d'ERC fes unes declaracions públiques sobre la feina que s'estava fent des de la Generalitat per crear la hisenda pública catalana. De les declaracions de Vidal se n'extreu que la Generalitat ja té les dades dels catalans i el jutge comença a investigar en aquest sentit amb la Guàrdia Civil com a policia judicial.
El jutge investiga Santi Vidal i obre també diligències contra Lluís Salvador i Carles Pi-Sunyer.
A l'abril el jutge decreta el secret de sumari, per la qual cosa les parts personades —denunciants i els advocats dels investigats— no tenen cap tipus d'informació de com s'estan portant a terme les investigacions. Cap altre organisme judicial tampoc la té.
A mitjans de juliol es comencen a fer les escoltes telefòniques i els seguiments als investigats i s'obre una peça separada, que ara, un cop aixecat el secret d'actuacions, no consta en el sumari.
A partir d'aquestes escoltes i seguiments el cas es fa gran. L'acte al Teatre Nacional de Catalunya és un punt d'inflexió i la Guàrdia Civil amplia la investigació seguint alts càrrecs del Govern a partir de la informació que extreuen de les trucades i de les declaracions públiques que surten a la premsa de membres del Govern sobre com fer la desconnexió i com fer el referèndum. I aquí és on la Guàrdia Civil traspassa la línia vermella i el jutge deixa fer. De fet, en el sumari hi ha diversos reculls de premsa.
Obviant el TSJC
Al llarg de les investigacions, la Guàrdia Civil topa amb diferents membres del Govern. En el sumari surten reunions i trucades de consellers, càrrecs destacats de Junts pel Sí i el mateixos president de la Generalitat i vicepresident.
Tots ells tenen la condició d'aforats. El jutge d'instrucció 13 no actua contra aquest fet i no s'inhibeix del cas. El TSJC tampoc no ho pot reclamar perquè, amb el secret de sumari, és impossible accedir a les investigacions ni saber què i a qui s'està investigant concretament.
La reunió a Pedralbes
La Guàrdia Civil interroga proveïdors de serveis informàtics que els posen sobre la pista dels preparatius del referèndum i els informen d'una reunió al Palau de Pedralbes amb una quinzena de càrrecs de la Generalitat entre els quals hi ha el president, Carles Puigdemont; el vicepresident, Oriol Junqueras; els consellers Carles Mundó, Toni Comín i Jordi Turull, i la portaveu de Junts pel Sí, Marta Rovira.
La reunió es fa el 16 d'agost.
Finalment i davant els dubtes de la legalitat del projecte, no s'acaba de fer l'encàrrec.
Interrogatoris a testimonis del TSJC
Els interrogatoris que fa la Guàrdia Civil a diversos testimonis, molts d'ells empresaris o treballadors d'empreses —sense que ho hagi demanat el jutge—, obre la veda a la Guàrdia Civil que comença a investigar la possible compra d'urnes. Un fet que ja investiga el TSJC a partir de la querella contra Meritxell Borràs.
De fet la Guàrdia Civil acaba prenent declaració als empresaris que optaven al concurs que va promoure la Generalitat per comprar les urnes, abans que ho faci la magistrada del TSJC, que és l'única autoritzada a investigar el cas.
Comín buscant locals
Entre les trucades intervingudes a Josep M. Jové, el que consideren el cervell logístic del referèndum, hi ha les converses amb Toni Comín, conseller de Salut, que els dies previs a l'1 d'octubre estava configurant una llista de locals, on també figuren centres d'atenció primària, que han de donar cobertura als municipis on els ajuntaments no havien cedit espais.
Però, tot i que l'informe de la Guàrdia Civil fa constar que el conseller desobeeix les odres del Tribunal Constitucional i la Fiscalia General de l'Estat i que es tracta d'un aforat, el cas continua inamovible al jutjat d'instrucció 13.