Tal día como hoy del año 1570, hace 454 años, en Madrid (capital de la monarquía hispánica desde 1561), el rey Felipe II firmaba una real cédula que autorizaba la creación de Tribunales del Santo Oficio por todas las colonias hispánicas de América. Durante el año siguiente (1571), la Inquisición hispánica abrió un Tribunal de la Fe en México, que sería presidido por el dominico Pedro Moya de Contreras (más tarde, arzobispo de México y virrey de Nueva España), y otro en Lima, que sería codirigido por los también dominicos Andrés de Bustamante y Servando de Cerezuela. Reveladoramente, uno de los primeros "autos de fe" dictados por Moya sería la cremación de un grupo de marineros ingleses, de la tripulación de John Hawkins, que habían sido previamente capturados.
Posteriormente, el Tribunal del Santo Oficio fue implantado en Cartagena de Indias (1610) que, de esta manera, se convertía en la tercera sede inquisitorial de la América hispánica. Según la investigación historiográfica, durante la época de máxima incidencia de la actividad inquisitorial (1570-1700) se incoaron unos 6.000 expedientes que dieron como resultado el asesinato de un mínimo de 72 personas, y el exilio y la ruina de un número indeterminado que no sería inferior a 10.000. La Inquisición hispánica en América importó los métodos de tortura que ya utilizaba en la península Ibérica: el "potro" y la "garrucha" (aparatos que rompían la musculatura y los cartílagos de los detenidos) o el "castigo del agua" (hacer beber agua al detenido hasta que se ahogaba).
La Inquisición hispánica en América perseguía a los descendientes de judíos conversos y las oligarquías del mundo indígena que se habían castellanizado y cristianizado para mantener su estatus político y económico. El aparato de dominación hispánico sospechaba que estos grupos conservaban, secretamente, y difundían, clandestinamente, sus respectivas confesiones; y eso era interpretado como un desafío al régimen hispánico. La Inquisición también persiguió a los armadores y marineros franceses, neerlandeses e ingleses que comerciaban con las colonias hispánicas de América, porque se les consideraba sospechosos de divulgar la reforma protestante que el régimen hispánico combatía con las armas en el continente europeo.