El Ministerio de Hacienda, capitaneado por el ministro Cristóbal Montoro, se ha reiterado en su negativa a que se haya destinado dinero público al referéndum del 1-O. Todo pese a las contradicciones con los indicios del último informe de la Guardia Civil, enviado al juez del Tribunal Supremo Pablo Llarena y que sostiene que se malversaron dos millones de euros. No obstante, Hacienda no siempre ha mantenido esta versión de los hechos, que ha cambiado substancialmente.
En las semanas previas al referéndum catalán, Montoro intervino las cuentas de la Generalitat y las sometió a un exhaustivo control con el objetivo que no se dedicaran partidas a una votación que el Gobierno consideraba ilegal. El ejecutivo de Rajoy se comprometió después con esta idea, que hoy Hacienda sigue manteniendo y con la que Montoro se ha expresado en varias ocasiones, la última en una entrevista en El Mundo.
No obstante, lo cierto es que Hacienda señaló al independentismo en varias ocasiones bajo la sombra de una supuesta malversación de fondos públicos. Sin ir más lejos, Montoro denunció al Govern de Carles Puigdemont —una vez apartado por el 155—, la ANC y Òmnium Cultural por haber dedicado dinero público para el referéndum del 1-O. Trasladó esta denuncia dos semanas después del referèndum, el 20 de octubre, sobre la votación al Tribunal de Cuentas.
La petición de investigar esta supuesta malversación vino de la mano del secretario de Estado de Hacienda, José Enrique Fernández Moya, quien en nombre del Ministerio quiso identificar si se causaron daños al erario público.
Tras esto, los de Montoro volvieron a señalar al independentismo, en este caso al mundo local. Fue una semana después de que saliera a la luz la primera denuncia al Tribunal de Cuentas. Entonces, Hacienda pidió al Tribunal de Cuentas que investigara el viaje de 200 alcaldes a Bruselas con la idea que también pudieran haberse pagado con dinero público. Estas denuncias, que apuntaban claramente a una malversación de fondos, fueron impulsadas por el mismo ministro que desde hace tiempo niega cualquier gasto público para el 1-O y que se mantiene cercado por Ciudadanos, quien parece haber visto una oportunidad en esta nueva crisis en el gobierno del PP.