El titular del juzgado de instrucción 1 de Barcelona, Joaquín Aguirre, ha imputado al excomisario José Manuel Villarejo a raíz de la denuncia presentada por el detective privado Francisco Marco, que quiere demostrar que su detención y el registro de su agencia, Método 3, en el año 2013, fue un objetivo de la operación Catalunya. Aguirre había rechazado investigar esta presunta detención ilegal, pero Marco presentó un recurso que la Audiencia de Barcelona aceptó, y finalmente el juez lo investigará, aunque se centrará solo en el registro de Método 3, y no en la posible vinculación con la operación Catalunya, ya que la Audiencia Nacional archivó el caso de que estudiaba esta vinculación. Así, según ha adelantado La Vanguardia y ha confirmado El Nacional, Aguirre cita a declarar al excomisario de la Policía Nacional, el exinspector jefe Antonio Giménez Ras y el detective que trabajó para ambos Julián Peribáñez el próximo mes de septiembre.
Los hechos denunciados ocurrieron hace más de una década, cuando, en el marco de la investigación por la grabación de un encuentro del exlíder del PP en Catalunya Alicia Sánchez Camacho y Victoria Álvarez, expareja de Jordi Pujol Ferrusola, en el restaurante La Camarga, un juez ordenó el registro de la agencia Método 3. El director de la empresa, que fue detenido durante unas horas el día del registro, acusa a Villarejo de estar detrás de este movimiento y de haberse llevado más documentación. El magistrado de la Audiencia Nacional Manuel García Castellón archivó en julio del 2022 la denuncia de Marco contra Villarejo argumentando que estos hechos ya se habían investigado en otra de las piezas del caso Villarejo.
La operación Catalunya hace referencia a la existencia desde el año 2012 de una organización integrada por miembros de la Policía, del gobierno de Mariano Rajoy y del PP que, con ayuda de periodistas y medios de comunicación, urdió un plan contra el independentismo catalán. En los juzgados centrales de Madrid hay varias piezas que afectan a la operación Catalunya, pero algunas denuncias o querellas han sido sobreseídas, como la del expresidente del FC Barcelona Sandro Rosell.
En febrero del año pasado, Francisco Marco relanzó la agencia de detectives Método 3 como una consultora de inteligencia empresarial y judicial para actuar ante acusaciones ilegales. La empresa se integró en el grupo Marco & Co, como Marco denominó su nueva agencia de detectives una vez se le exoneró del supuesto caso de espionaje político, por el cual llegó a ser detenido hace una década.