El secretario general de la Conferencia Episcopal Española (CEE), Luis Argüello, en sus primeras declaraciones como portavoz de los obispos españoles, se estrenó con polémica. Además de afirmar que los candidatos al sacerdocio deben ser "enteramente varones, por lo tanto, heterosexuales", por lo que fue acusado de LGTBIfobia, se enredó en una comparación entre la transexualidad y el secesionismo.
Argüello condenó que en algunas leyes aprobadas recientemente se autorizara la transexualidad atendiendo al sentimiento de la persona que quiere cambiar de sexo. Argüello reclamó que lo que debe imperar no es el sentimiento sino la "racionalidad". Y vinculó la problemática de la transexualidad con las peticiones independentistas de los catalanes: "Porque hoy no solamente es este asunto, pensemos en la situación política de España, en nuestras tensiones como pueblo, como nación y nacionalidades". Argüello alertó que, de esta manera, es el sentimiento la categoría jurídica que puede fundamentar "la gran decisión del cambio de sexo o la decisión tan importante de cambiar de configuración del Estado".
Tras la polémica que generaron sus declaraciones, la CEE emitió un comunicado, firmado por Argüello, en que pedía excusas por la expresión utilizada, y afirmaba que no había querido decir "que los varones homosexuales no sean plenamente varones". No obstante, ha mantenido que la Iglesia tiene derecho a rechazar a los homosexuales, y no ha revisado sus declaraciones del soberanismo catalán.